עימות חריף התגלע בין ראש הממשלה בנימין נתניהו לראש המוסד דדי ברנע. במרכז הסערה עומדת פנייה חריגה שביצע ברנע ליועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, בניסיון להשפיע על עמדתה בעתירה לבג"ץ, וכל זאת מבלי לקבל את אישורו של ראש הממשלה, הממונה עליו ישירות.
הרקע לדרמה בצמרת המדינית-ביטחונית הוא עתירה שהוגשה לבג"ץ נגד מינויו של גופמן, מינוי שראש הממשלה נתניהו החליט עליו באופן אישי. על פי הפרטים, ברנע פנה מיוזמתו ליועמ"שית במטרה להעביר דרכה מסר לשופטי בג"ץ, במהלך שנתפס על ידי נתניהו כחציית קו אדום וכפעולה שנעשתה מאחורי גבו.
בשיחה קשה שקיים עם ברנע, הטיח בו ראש הממשלה: "איך אתה פועל מאחורי הגב שלי ומשתף פעולה עם היועמ״שית עם מכתב לבג״ץ, כשאתה יודע שהיא לא מייצגת את הממשלה בעתירה הזו?". נתניהו הדגיש את חומרת המעשה, המהווה ערעור על סמכותו כראש ממשלה.
ראש המוסד, מצידו, לא הכחיש את הפנייה ואף אישר כי הוא זה שיזם אותה. "לא היועמ״שית פנתה אליי, אלא אני פניתי אליה", השיב ברנע לנתניהו. הוא ניסה להסביר את מניעיו וטען כי ראה בכך המשך ישיר לעדותו בוועדה שדנה במינוי: "מבחינתי זו השלמת טיעון של הטענה שלי בפני הוועדה. רציתי להעביר את עמדתי לשופטים".

אך ראש הממשלה דחה את ההסברים על הסף והבהיר את עמדתו הנחרצת. "זו חתירה תחת סמכות. אתה כפוף לראש הממשלה, וזה מינוי שלי", אמר נתניהו. הוא הוסיף והבחין בין הופעה מוסדרת בפני ועדה ובין הניסיון להשפיע על שופטים באופן עקיף, לאחר שההחלטה כבר התקבלה.
"יש הבדל בין להופיע בפני הוועדה המוסמכת לדון בטוהר המידות של גופמן ובין לנסות לשכנע את השופטים מבלי שהתבקשת לכך ומבלי שיש לך כל סמכות לעשות זאת", סיכם נתניהו את נזיפתו. "הסתרת את העניין ממני, שהחלטתי בעצמי כראש הממשלה על המינוי של גופמן".