במערכת הביטחון נערכים בכוננות גבוהה: שר הביטחון ישראל כ"ץ הנחה להטיל סגר כללי על אזור יהודה ושומרון ולסגור לחלוטין את מעברי עזה. ההחלטה התקבלה אחרי ששר הביטחון קיבל במלואה את המלצת גורמי המקצוע בצה"ל, במטרה לשמור על הביטחון והסדר.
הסגר ייכנס לתוקפו בתאריכים חמישה ושבעה באוקטובר, ימים בהם מציינים במדינה את אירועי ה-7 באוקטובר. בלשכת שר הביטחון מסבירים כי הצעד הדרמטי מגיע בגלל הערכת המצב הביטחונית והצורך להדק את הפיקוח וההגנה בכל הגזרות במהלך ימי הזיכרון.

החרגות מצומצמות בלבד
במהלך ימי הסגר, התנועה במעברים ביהודה ושומרון תיאסר כמעט לחלוטין. מעבר יינתן אך ורק במקרים חריגים מאוד, וכל בקשה כזו תהיה מחויבת באישור ישיר ופרטני של מתפ"ש (מתאם פעולות הממשלה בשטחים).
לצד ההגבלות הנוקשות, הוגדרו מספר חריגים בודדים שיוכלו לעבור. בין המורשים לעבור: עובדים חיוניים מיהודה ושומרון בסקטור הבריאות, וכן מקרים שבהם קיימת התחייבות מפורשת של המדינה לבג"ץ. בנוסף, יתאפשר מעבר לצרכים חיוניים הנוגעים למרחב התפר.