הרב הראשי לישראל, הרב קלמן מאיר בר, שיגר מכתב אישי ונוקב אל הרמטכ"ל ואל שר הביטחון, ובו דרישה חד-משמעית לבטל את ההחלטה להעמיד לדין את חיילי גבעתי שנשפטו בשל לכאורה סירוב פקודה. במכתבו יצא הרב הראשי נגד התנהלות המערכת מול הלוחמים שביקשו לשמור על אמונתם.
הרב בר הבהיר במכתבו כי בעת דיון בסוגיה בעלת הד ציבורי נרחב, חובה להפעיל את השכל הישר ולא רק את ספר החוקים היבש. לדבריו, יש להוסיף לשיקול הדעת את ההשלכות הציבוריות ואת מה שמוגדר כ"שולחן ערוך החמישי" – כלומר, דברים שהשכל הישר מחייב גם אם אינם כתובים בנהלים.

"היכן נעלמו זכויות החייל הדתי?"
בפנייתו התייחס הרב הראשי בגלוי לקודים שהונהגו בצבא בשנים האחרונות. הרב כתב: "לצה"ל נקבעו קודים, הקודים נקבעו ע"י גורמים מסוימים שחלקם אינם מאנשי השירות הצבאי אלא גורמים אקדמאים ואנשי רוח. תורת ישראל, שהיא התשתית עליה קיימת זכותנו על ארץ ישראל ובזכותה אנו כאן, קבעה גם היא קודים להתנהלותו של צבא יהודי. הכלל החשוב הוא – 'והיה מחניך קדוש'".
תחת זאת תהה הרב על האפליה הנוצרת בפועל נגד הלוחמים שומרי המצוות. הרב הוסיף ותהה: "היכן נעלמו זכויותיו של החייל הדתי שתופעות מסוימות נוגדות את אורח חייו? וכי אין לו זכות לשרת בגלל השקפת עולמו שמונעת ממנו לעשות כל דבר. כשהוקם צה"ל היה ברור, ואף אחד לא ערער על כך שיש ליתן מענה לענייני כשרות, שבת וכו' למי שחי על פי אמונתו. מדוע בנושא השירות המשותף אין זכות אמירה לחייל דתי, שומר תורה ומצוות, שענייני 'קדושת המחנה' מבחינתו הם קיומיות. אני פונה אליכם לשנות הוראות בתחום זה שיתאימו לאורח חייו של החייל הדתי".

"אזהרה מפני אסון לשילוב הלוחמים"
בדבריו הביע הרב כאב עמוק על היחס ללוחמים שיוצאים למערכה מתוך מסירות נפש. הרב כתב: "ליבי נחמץ מהעובדה שבני ישיבות ההסדר ואחרים הששים להתגייס במטרה קדושה לחרף נפשם למען הצלת ישראל, אכן זכות גדולה נתגלגלה לידם, כמה חבל שאותם אלו שינקו את תרבותם מתרבות זרה והם רחוקים מתורת ישראל הם קבעו את הקודים על פיהם חיילי ישראל יקיימו את שליחותם, ועל סמך זה נפסקו את דינם לשבט".
את מכתבו סיים הרב הראשי באזהרה מפני הנזק שנגרם ללכידות בצבא. הרב סיכם: "צר לי למחות על מה שנעשה. פעולה כזאת להעמיד לדין חיילים שכל מעיינם לשמור על קדושת המחנה יש בה כדי להמיט אסון על הצורך לשילוב כולם במערכה זו. אני כותב את דברי מלב כואב ומתוך אחריות לעם ישראל ולאחדות העם. אבקשכם בכל לשון של בקשה לשנות את ההחלטה ולהציב מול עינכם את דברי אלו".